私は、1～3万トンの小型船でのクルーズが多く、また、一応ダイバーなので、さらに船が小さく揺れやすいボートダイビングも経験しています。やはり、回を重ねるごとに船に少しずつ強くなってきた感はありますが、元々は、箱根の芦ノ湖の遊覧船でもふらふらになるほど、船酔いしやすかったため、自分なりに色々工夫してきました。
これまでの経験と調査結果から、船酔いしそうなとき、船酔いが心配なときは、卵料理、コーヒー、オレンジやグレープフルーツなどの柑橘類、は出来る限り避けるようにしています。今日は海が荒れそう、というとき、朝食でこれらを避けるだけでもだいぶ違うのではないかと思います。
また、クルーズでは、1日5食（3食＋午後のお茶＋夜食）くらい普通なので、つい、おなかいっぱい食べてしまいがちだと思いますが、満腹になると、酔いやすいです。過度な空腹（クルーズではまずありえないですが）、睡眠不足も同様です。
車酔いでは遠くを見なさいとよく言いますが、荒れた海では、うねる波を見ていると気分が悪くなりやすいので、外の景色は、あまり見ない方がよいと思います。
最終的には、これはヤバイな、と思ったら、即刻横になって寝てしまうのが一番です（頭を固定して平衡感覚に影響が出ないようにするといいようです）。
とはいえ、上記全てを守っていると、クルーズの楽しみが半減してしまいそうなので、船酔いしやすい方は、やはり酔い止めを飲むことをおすすめします。 私も最近は、1日持続型の酔い止め薬を 愛用（？）しています。
東洋医学的には、乗り物酔いに効くといわれるツボがいくつか知られています。手首内側の「内関」というツボが一番有名で、絆創膏で米粒を貼り付けるとか、そのツボに刺激を与え続けるためのリストバンドも販売されているようです（試したことはありません）。
乗り物酔いを克服するには、慣れもかなり大きいようなので、クルーズが好きならたくさん船に乗ることが一番良い方法なのかもしれません。

私の船酔い防止策ですですが、客室位置を意識して予約するだけで船酔いの回復や軽減にかなり有効かと思います。最近は7万t以上の船が多く、航行中もほとんど揺れを感じませんが、それでも船首尾は波をかきわける際の抵抗感、低層フロアはエンジン音や振動などを体感してしまい、船酔いを誘発、助長する気がします。高層フロアは景色が良いですが、高層すぎても左右の揺れ幅が大きくなりますので、スイートルームなどが多く配置されている中高層フロアで船首尾から見て中央エリアを予約することが多いです。（スイートルームは揺れが少なく船内移動しやすい一等地に多い気がします。）バルコニー付きなら波音も聞けるので身体や意識が海に順応しやすい気がします。日本のカーフェリー級の大きさの船は揺れを感じますが、大型クルーズ客船は思いのほか揺れを感じません。安心してください。ただし、毎日が楽しく必要以上に動き回るため、疲れが出始めるころに体調不良で酔いやすくなると思います。適度な休憩や昼寝がお勧めです。