船長(キャプテン)や１～３等航海士(１～３オフィサー)らが世界中全ての港湾・水道・河川などの地形や、独自の航行ルールなどを把握して航行することは不可能です。
従ってその場に詳しいスペシャリストである『水先案内人（パイロット）』が必要になります。

一般的な港を例にしますと・・・
パイロットは入港前の客船へタグボートやパイロットボートで乗り付け・乗船します。
彼らの本来の業務はキャプテンへの助言ですが、実際にはキャプテンに代わり操船し、クルーやタグボートへの指揮を行い、又タグボートを使って着岸・離岸の業務を行うのが一般的です。
※その場合、キャプテンはブリッジ内に居て監視しています
離岸時は港から乗船し、業務を終えたらタグボートに乗り移り退船していきます。

余談ではありますが、にっぽん丸の元船長曰く『日本国内で船長がその場へのライセンスを取得している場合はパイロット不要になる』とのことですので、パイロットを必要としない場合もあるようです。