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クルーズマンズではじめよう
法律の専門家ではないので一般論ですが、船舶の犯罪行為は海洋法に関する国際連合条約(略称・国連海洋法条約)で船籍国の法律が適用されると規定されていますから公海上の事件であれば無条件に、ある国の領海内であっても航行中の事件であれば国連海洋法条約で船には無害通航権が認められていますからその船の船籍が有る国の法律で裁かれる筈です。
ただ、港に停泊中や東京湾のような内水域ですと無害通航権の適用範囲外となる筈なのでその国の法律で裁かれると思います。
また、領海内で航行中の場合でも、その国への反政府行為や国際犯罪等に関係している場合には無害通航権が制約される等の規定があり、船長の判断では領海国の法律で裁かれる事になると思います。