ShoreTrips は使ったことはないですが自分の場合について。
基本的に自分で回る（公共交通機関を使うなど）のを前提に過去の旅行者のブログなどを見て徹底的に行き方を探します。（主にヨーロッパ）
ただ、目的場所までそれでは行くことが出来ない、頻繁に電車が遅れるなどのリスクが高い、時間内に効率的に回ることが出来ない場合に初めて現地ツアーを考えます。（トリップアドバイザーにも評判の良い現地ツアー会社が載っていてHPも見れるので値段もわかる）

で、更に船のエクスカーションの値段と比べて安ければ現地ツアーを申し込みますし、値段がそんなに変わらなければ安心料として船のエクスカーションを申し込みますね。また、港から現地までかなり遠い場合は万が一のことを考え船のエクスカーションを選ぶこともあります。

それと、クルーズを降りるとどこの港周辺でも現地ツアーは沢山あるので近距離のものであれば問題ないと思います。
ただ、呼び込みも積極的なのでどんなツアーがあるのか聞きづらく（特に日本人はシャイなので）よくわからないまま申し込んでしまうこともあるので、旅行前にどんなツアーがあるのかトリップアドバイザーに載っているツアー会社のHPを見たり船のエクスカーションを見て何をしたいかをある程度決めておくと良いと思います。

船のエクスカーションは現地ツアーと比べると高い！ってことよくありますよね。

ディズニークルーズのポートアドベンチャー(ショアエクスカーション)チームのキャスト(クルー)にメキシコ人の友達がいるので、ツアー代高いよねえwwと話したところ安心料だからwあと私の給料の一部なんですけどwwと言われました。

安心料というのは、
·船会社のツアーだと、渋滞とかに巻き込まれて最終乗船時間に間に合わなくても船が待っててくれること。
·抜港又は悪天候でツアーが中止になった場合は全額戻ってきます。(個人で申し込んだツアーだとお金は戻ってきません)

事前に申し込んでいなくても船を出たところで現地申込できる場合もありますよ。(個人で申し込むことになるので何かトラブルが起こったら自分で解決しないといけませんが)

ShoreTripsは利用した事がないので、答えにはなりませんが、クルーズ海域やクルーズクラスによって異なりますので一概には言えませんが、共通して言えることは前の方がおしゃている様に「責任」の違いは大きいですね。しかしアラスカなどではスキャグウェイ、ジュノーなどどこの港にも
港周辺に港発のツアー会社が目白押しです。最近は港のSOLAS外で待機するエクスカーションタクシー（結構グレイドの高い車輌でWIFIなどもFREE）など
増えてきている感じもあります。しかしライセンス、保険など万一のトラブルの際には全て自己責任となるので、十分に気をつけてご利用されると良いですね。もし利用される場合は、緊急時の連絡先、ポートエージェンシー、住所など情報が全て記載のあるDaily　Prgramは持参は必須ですね。