エージェントはどちらをお使いでしたでしょうか。
私も似たような経験がありますが、一昨年の秋のベトナムも回る長いクルーズ時に、鹿児島抜港、ベトナム抜港、香港遅れなどがあり、　シーデイが一週間もあったりしたときがありました（ブログにもかいてございますが）。その時はクレームのトラブルなどがあり、キャプテンの意向で　乗客全員、下船後の一年間二度のプリンセスを予約しても半額という、お詫びがきました。
そのほかにも抜港分のオンボードクレジットがあったと思います。日本回りは台風が多いので　抜港は多いと思いますが、あくまで安全を考えたキャプテンの判断決定で　私はいつも支持しております。
観光は　どちらでご予約だったでしょうか？
私は予約していなかったので　よくわからないのですが、船での寄港地観光は　船都合でのキャンセルは返金されたように思います（オンボードクレジットですが）。
どこかのエージェントのチャータークルーズなどでは　条件が変わって
船会社とエージェントで　責任を　お互いにおくりあって、なかなか所在が分からない場面もあるようです。
約款などもあるとは思いますが、千を超える人数全体の安全と考えると仕方の無いこともあるとも、私は思っています。
天候が左右するクルーズだけに抜港や　キャンセルの覚悟はいるとは思いますが、どちらにしても、　ご不満が残って残念です。
本社に問い合わせるという手もあるかとも思いますが、最近大手の傘下になっていますので反応が　わかりません。
改悪の一環かもしれないですし、残念なことですね。お答えにはなっていませんが、私のようなことも会ったことをお知らせしたくて書きました。