この質問という事は初クルーズでしょうか。
同じく8/31横浜発に乗るものですが、石垣と竹富の観光は可能です。
ダイヤが停泊する予定の場所から約3km先に各離島を結ぶフェリー乗場がありますので、石垣島内だけではなく、他の離島にも渡れます。
但し、個人で観光するなら行きと帰りの時間は余裕をもって。

また、船会社が用意するパッケージ観光「エクスカーション」というのがありますので、多少値段は張りますがそれを利用するというのもあります（事前予約）。
バスを用意してくれますし、効率よく島内を回れると思います。
プリンセスクルーズのHP(英語版)に既に幾つかのエクスカーションメニューがアップロードされていますので確認してみては如何でしょうか。

画像は昨年10月に行った時の川平湾です。沖縄方面は雨量が多く、晴天である事は少ないので雨具の用意も忘れずに。