予約経路によって、船会社が付与するリピーター特典、ロイヤリティプログラム特典が変わることはないと思います。予約時に、代理店または船会社に、最初に乗船した後に付与される、会員番号を伝えておけば、より確実です。もし、会員番号がわからなくても、以前に乗船したことを伝えておけば、調べてくれると思います。

リピーター特典以外の、船会社による割引などは、居住地によって変わることがよくあります。米国在住の場合は、往復航空券無料特典が付くが、日本在住の場合は、代わりに1000ドル割引される、などの例があります。船会社直接でも代理店経由でも、船会社からの割引内容は変わらないことが多いと思います。

代理店を通す場合は、代理店独自の割引や、オンボードクレジットなどが、船会社の割引に上乗せされることがあり、代理店ごとに内容や金額は様々です。

各船会社がしているいろいろな　ロイヤリティプログラムがありますが、
わたしは国内のエージェントと、海外サイトを両方使っているので、　必ず番号をつたえます。
伝えればちゃんとはいります。ただ、フューチャークルーズのデポジットを入れるときには　その時入れた金額の国のエージェントでしか使えないので　注意が必要です。