まさにケースバイケースなので、私が経験したケースを列挙します。

１：行程が完全に入れ替わったケース。

日程は同じだったが、コースがまったく変わってしまったケース。
乗船前に、「こういう理由でコースが変更になった。ついては、旅行をキャンセルする（キャンセルフィーはかからずに全額返還）か、あるいは変更したコースを受け入れて旅行に参加するか」との意思確認をされる。
キャンセルする場合は、他のクルーズへの振り替えや、オンボードクレジットの権利も与えられる。
行程変更を受け入れた場合は、乗船中のオンボードクレジットが付与されるケースが多い。

２：部分的な変更

寄港地が変わったりした場合の対応では、船会社からは何もなかったケースもあり。もちろん、変更に伴うエクスカーションなどの費用は全額返還される。

３：抜港

乗船前であれば、上記１と同様にキャンセルフィー無しの旅費全額返還がある。
広義の「事前旅程変更」という解釈。
乗船後に起きた場合は、オンボードクレジットの提供というパターンが多い。
ただし、２に書いたように、寄港地の変更などだと、オンボードクレジットは出ないことがある。

４：遅延

コレは船社や、遅延の状況によって対応が異なるので一概には言えない。
天候事由だと難しいが、オンボードクレジットが提供された事もある。

５：船社に責があるケース

旅程変更、抜港、遅延全てにおいて、船社に責があるケース（マシントラブルなど）では、なんらかの補償（次回クルーズへの招待、オンボードクレジットの提供等々...）が有ると考えてよいと思う。

予約したクルーズがキャンセルになった

先日予約していたキューバ・クルーズが船会社の都合でキャンセルになりました。船会社日本語HPからの予約であったので、日本の代理店から以下の条件が伝えられた：

● 日程の違う別のキューバ・クルーズに変更する。オンボードクレジット付与

● クルーズをキャンセルして返金してもらう

ここで問題だったのはマイアミまでの格安航空券を購入済みであったので、キャンセル、変更ができない。代理店に確認した所、航空券キャンセルの保証は$500まで可能とのこと。$500はアメリカの乗客を対象にした金額で、アメリカに住んでいれば妥当な金額ではあると思うが、日本からはこれでは全く採算が合わない。結局予約済みの飛行機を優先して、この期間に見あうクルーズに組み替えた。オンボードクレジットも付与されたので、これで良しとした。この様なリスクがあるから一般的には旅行会社を使うのが日本人であると思いますが、安くクルーズを組みたいと思えば、この様なリスクも覚悟しなけれなダメですね？

（追記）当初の計画は、マイアミからキューバ・クルーズ後、そのままパナマ運河経由サンディエゴの予定でした。たまたまマイアミをベースにしていたので、代替クルーズを探せましたが、適当なクルーズがなかったらどうしていたでしょうか？多分キーウェストにでも行っていたと思います。

海外クルーズでは、これまでに、抜港（代替対応含む）を3回経験しました。
1回目は、2011年10月のシーボーン・レジェンドで行ったクルーズのタオルミーナ（シシリア島）です。イベントの影響で、前夜に急遽、メッシーナ港に変更になったと、放送がありました。電話をかけて抗議したところ（他の乗客も皆さん訴えた模様）、翌朝、メッシーナから無料の観光バスを出してくれることになり、タオルミーナに行くことができました。さすがラグジュアリラインの対応だなと思ったハプニングでもありました。
2回目は、2012年4月のシーボーン・レジェンドで行ったエーゲ海クルーズのサントリーニ島です。波が高く、テンダーボートが出せないことなどが理由だったと思います。このときは、寄港地を、ナフプリオンに変更する対応が取られ、他の補償はありませんでした。
3回目は、2014年12月のクリスタル・シンフォニーで行った区間クルーズのコモド島です。この区間クルーズは、オーストラリアのダーウィンからバリ島までの5泊6日のショートクルーズでした。コモド島が唯一の寄港地で、コモドドラゴンに会うことが、メインイベントでしたので、非常に落胆しました。急病人が出て、ヘリコプター搬送可能な島まで急送しなければならず、コモド島へ寄港できなくなったことが理由でした。当初は、代わりにロンボク島に寄港予定でしたが、軍の要請で急遽取りやめになり、結局、終日航海日のみのクルーズとなってしまいました。代替港への寄港もなかったことから、補償として、ひとり＄200のオンボードクレジットをもらえることになりました（区間もフルクルーズの乗客も全員同額）。次に持ち越すことはできないので、下船まであと2日、何に使おうか悩みましたが、バリ島のエクスカーションと、NOBU（スペシャリティレストラン）のカバーチャージと追加メニューで、ぴったり使い切りました。
国内クルーズでは、2018年7月に参加を予定していたにっぽん丸の横浜・清水クルーズが出発2日前に、キャンセルになりました。旅行代理店は理由をキチンと説明してくれないので、以下は、自力で色々調べて推測したことです。私たちの参加するクルーズの前は、三越伊勢丹のチャータークルーズで、大洗港で花火鑑賞し、翌日、横浜港に戻ってくる行程でした。しかし、台風による強風と高波の影響から、予定を変更して、大洗港には行かず、大船渡港に待避したようです（marine trafficというHPで、船舶の現在地を調べられます）。そのため、横浜港到着が大幅に遅れることから、次の横浜・清水クルーズを中止する決断をしたと思われます。この場合は、後日、全額返金となりました。2018年は台風の直撃が多く、この後も、航路が大きく変更されるクルーズがあり、乗船しない場合は、全額返金されたようです。余談ですが、手頃なサイズのにっぽん丸は、最近チャーターが多く、短い行程の自社商品が、リポジショニング的な、参加しにくい微妙な航路になりがちな傾向にあるのが残念なところです。

先日、添乗時に台風20号が進路を直撃したため大幅な航路変更になりました。本来であれば天候事由の為、免責になっても不思議ではありませんが、ダイヤモンド・プリンセスは非常に親切且つ適確なオファーを乗船日に港で出してくれました。

①キャンセル・・・全額払い戻し
②旅行をする・・・一人$100のオンボードクレジット付与

元々釜山と四日市寄港だったクルーズが青森と室蘭になった事で、全く違う目的地と気候の旅になったのですが、①を選んだ方は8組だったそうです。

港湾税・・・各港では発着料があり、それらを港湾税として徴収しております。釜山＋四日市と青森＋室蘭では港湾税の差額がいくらなのかわかりませんが、そうした差額も②の$100に含まれているという説明でした。