どうやら空港が出来そうなので、今のうちなのかもしれませんが...

ずばり、小笠原でしょう!!
「クルーズ船でしか行けない」ではなくて、「船でしか行けない」ですけどね。

東京都でありながら、秘境感満載。

また、荒れる事が多い海域を通るので、船旅ならではのスリルも味わえる...

CIQの問題が解決すれば、寄港したい外国船は多いんじゃ無いですかね？
職員の手配の関係上、入国や出国はできないでしょうから。

二見港は５万トンクラスまでは対応できるようになったようなので。
ラグジュアリーや、ブテッィッククラスの船ならいずれ入ってくるのではないかと。

ポナンとか良さそうですけどね...

船でしか行けない島といえば、シチリア島近くのリーパリ島がとてもよかったです。眺めのよい城塞、ノルマン様式の古いカテドラル、白い壁の家が建つ小道、そして船から見る島全体の景観など、全てが絵になる、見所の多い島でした 。活火山のある島で有名なストロンボリ島など、周辺の航海も楽しめます。

船で行ってこそ！なエリアは、やはりエーゲ海ではないかな、と思います。多くの個性的な島々が点在し、どこに寄港しても楽しめるのではないでしょうか。

フィヨルドの奥や、氷河に海側から近づく、というのもクルーズならではの醍醐味と思います。