船はマルセイユのメイン港から離れていて、他の公共交通機関が無いためエクスカーションでシャトルバスかタクシーは必要となります。
私が行ったときはニースのテロの1か月後だったため、警備が強化されていたからか黒人のお土産屋さんなどが少なくてあまり危険な感じはしませんでした。ただ、鉄道の駅付近の一部はあまり治安が良くなさそうな雰囲気でしたので用事がなければ駅は行かなくても良いかと思います。
港周辺はマルセイユ石鹼がたくさん売っていますが実はマルセイユで作っているものは少ないようです。事前にどこでマルセイユ産の石鹸が買えるか調べておくのも良いと思います
プチトランは乗ってみる価値はあります。街を一周してくれるので全体像が見えると思います。